このパッケージは短い読み取り DNA シーケンシング技術で使用するためのコードが含まれているし、チップ Seq、シーケンス処理全体トランスクリプトーム散弾銃、全ゲノムの散弾銃の配列、SNP 検出、転写産物発現およびファイル変換パッケージが含まれています。
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Gabeditは、Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, Mopac2007, Orca, PC Gamess, そして Q-Chemといった計算化学パッケージのためのグラフィカルユーザーインターフェイスです。
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Mac osx 版、もう os9 をサポートしていない Lepard にアップグレードします。このプロジェクトはビルド DNA ストライダー飛竜のヘルプをユーザーが自分のデータを取得し、いくつかの基本的な DNA の実行を分析関数。
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cnsFace は、結晶解析や NMR システムのための GUI です。
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PyMOL Pluginsは、PyMOLの多くのプラグインを提供することを目指します。このウェブサイト上でPyMOLについてより詳細な情報を見つけることができます:http://www.pymol.org/
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LAMMPSは並列計算機のために設計された古典的な分子動力学シミュレータです。これは様々な力場と境界条件を使用して、原子、高分子、生物、金属、中規模システムのモデルを作ることができます。また、簡単に変更したり拡張することができます。
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このプロジェクトの CUDA API を使用して NVIDIA の Gpu で並列に実行する !AutoDock ソフトウェアを変更します。ユーザーがダウンロードして、コードをコンパイルし、!AutoDock CUDA 対応グラフィックス カードを使用することができます。Autodock は http://autodock.scripps.edu/に位置して
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シグナリング経路生物細胞の発生のための確率論的シミュレータ。3 D 四面体メッシュの反応拡散プロセスを処理します。
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Avogadroは、計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学、およびそれらの関連分野で使用するための高度でクロスプラットフォームな分子エディタです。柔軟なレンダリングのフレームワークと強力なプラグインアーキテクチャを提供しています。
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GLAREは、化学コンビナトリアルライブラリーデザインのコンテキストで製品の試薬リストベースの最適化のためのソフトウェアとライブラリです。大容量の仮想コンビネーショナルライブラリは、秒単位で最適化されている10 12製品を含有する。
関連プロジェクトMPC-BE, MeCab, Media Player Classic - Homecinema, SlunkCrypt, Decimal BASIC Open Source Project |
1995 年に片輪値段導入微分進化計算ノードごとに 1 つの枝に分かれています、人口と見なされます。差分進化完全並列メソッドは、変更することがなく、個人を生き残ったのイテレーションの数として定義されている個々 の年齢を考慮します。導入された改善は: (I) (k + 1) でいくつかの古い個人許可回支店 kth 支店、(II) 新しい選択ルールから最高のものの同じ番号で上書きすることは、子孫評価でいくつかの目的関数を使用して。この作品は SYSPATHO FP7 プロジェクト №260429 でサポートされています (http://www.syspatho.eu/)、RFBR 助成金 10-01-00627-は、11-01-00573-は、11-04-001162-は、状態と契約をロシア科学省 №14.740.11.0166 №11.519.11.6041
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Genomecomb は、完全なゲノム情報の解析用パッケージです。比較、注釈、特に完全なゲノム配列決定の結果をフィルター処理するために使用することができます。
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ERmod (エネルギー表現モジュール) は、エネルギー表示法による溶媒和自由エネルギーを計算するためのプログラム (j. 化学物理 113、6070 (2000))。プログラムは、不均一系を含む、任意の溶剤の溶媒和自由エネルギーを計算することができる、NAMD、GROMACS やオレンジなどの最先端の分子シミュレーション ソフトウェアとの連携で実行することができます。
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様々なケムインフォマティクスアプリケーションで使用するための化学構造のスケッチツールです。MDL MOLファイルの作成と編集に適しています。
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cairoグラフィックスをバックエンドに使用したORTEP-III。
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