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爆発はすべてのクエリが蛋白質または DNA かどうかに関係なく使用できるシーケンス データベースを探検するように設計の類似性検索プログラムのセットです。グローバルの線形ではなくローカル シークされ、その結果シーケンスを共有だけ分離された類似の地域間の関係を検出することができるヒューリスティック アルゴリズムを使用します。プライベートなローカル データベースに対する BLAST 検索を実行するために使用することができますと NCBI データベースのコピーをダウンロードまたは完全実行可能ファイルとしてローカルで実行することができます。それは、Mac OS、Win32、LINUX、Solaris、IBM AIX、SGI、Compaq OSF および HP-UX のシステムで実行されます。

拡張マークアップ言語 (VTD XML) の仮想トークン記述子は、レーザガス XML 仮想トークン記述子 (VTD) と呼ばれる手法の解析を中心に効率的な XML 処理技術の集合を指します。視点に応じて VTD XML は、XML パーサー、ネイティブ XML インデクサーまたはテキスト XML、XML コンテンツの修飾子を増分、XML スライサー/スプリッター/アセンブラー、または XML エディター/消しゴムを強化するためにバイナリ データを使用するファイル形式として表示できます。

!SimThyr は下垂体-甲状腺系のフィードバック制御のための連続的なシミュレーション プログラムです。このプログラムのアプリケーションは、生物学、医学、看護師、および患者の仮説の開発と学生の教育を含む研究をカバーします。

!LabKey サーバーは、管理、分析、および複雑なデータセットを共有する科学者を支援するオープン ソース ソフトウェアです。中和抗体、ルミネックス社、観測的研究、およびセキュリティで保護された Web ベースのコラボレーションのためのタンデム質量分析法、cytometry 流れ、試金をサポートしています。ソフトウェアはモジュラー、構成可能なそしてカスタマイズできます。あなたの機関の最新のハードウェアおよびオペレーティング システムでインストールすることができます。既存のシステム、機器、および作業の流れを統合し、斬新な探求方法を熟練したプログラマーによって容易に適応する設計されています。プロジェクトは、プロのソフトウェア エンジニアとアクティブな貢献者のコミュニティのチームによってアクティブな開発中です。新しいバージョンは、年間約 4 倍が解放されます。

Pathomx は、メタボロームおよび他オミックス データセットの分析のためのワークフロー ベースのツールです。インタラクティブな視覚的、拡張可能な、インテリジェントで任意の使用のため無料です。それすることができます動的に対話型のエディターを使用してビルド解析ワークフロー。ドラッグ アンド ドロップ プラグイン ツールを通じて、分析を実行する完全なワークフローを作成する間の接続。データをロードして、自動的に処理できるし、ツールを接続するだけで新しいアプローチをテストします。

ホットフォルダーのパイプラインを使用してシステムの自動化を簡素化する新しいアプローチを提供する Apache Ant の !AntFlow に基づいて、特定のタスクを実行するために一緒に連鎖。XML を使用して、データ転送、暗号化、またはローカル システム上のディレクトリで処理する XML など自動化されたタスクに関連付けられます。ファイルがコピーまたはホット フォルダーに書き込まれる、ときに関連付けられているタスクが実行され、ファイルはさらに処理するため、パイプライン内の次のホット フォルダーに移動します。

PCP （パターン分類プログラム） は機械学習パターンの教師付き分類のためのプログラムです。対話型実行され、バッチ モード、および実装する学習アルゴリズムとメソッド次のマシン： k-means クラスタ リング, Fisher の線形判別, 特異値分解、主成分分析、機能のサブセットの選択、ベイズ誤り推定、パラメトリック識別器 (線形と二次)、疑似逆の線形判別、k 近傍法、ニューラル ネットワーク、アルゴリズム サポート ベクトル マシン (SVM)、SVM のためのモデル選択を用いた次元低減クロス検証と分類 （委員会） を袋詰め。

!PhpLabware は Filemaker とアクセスに類似した機能を持つデータベース システムが完全に Web ベースします。リレーショナル データベースは、Web インターフェイスを介して定義されているし、PHP プラグインのコードを拡張することができます。ユーザーおよびグループのアクセスは、レコード レベルで規制されています。生命科学の研究者書かれましたが、一般的に SQL データベースへの Web ベースのフロント エンドとして役に立つはず。

JOELib/JOELib2 は知性の構造の調査、記述子計算をサポートするケモインフォマティックス ライブラリ処理/フィルタ リング パイプ、およびさまざまな化学ファイル形式の変換です。それは 100 ％ 純粋な Java で書かれていると外部プログラム (例えば Ghemical) へのインターフェイスが使用できます。