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LastUpdate: 2015-07-05 23:50

Trowel - Sequencing Error Corrector

こては、イルミナ シーケンス データ k mer スペクトル的アプローチに基づいているため、エラーの修正モジュールです。このツールは信頼できる k mers を分離するために、カットオフの範囲ではなく品質しきい値を使用する最初のツールです。このツールは、高精度と速度を保証します。このツールは、1 から開発されています。マックス ・ プランク研究所発生生物学の教授博士進学ラボ Euncheon Lim によって 2013 年 3 月。ブーストの最新バージョンをインストールする必要がありますまず最初に、version(>= 1.53.0) と [/projects/freshmeat_gcc/ GCC](>=4.3)。

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LastUpdate: 2007-11-01 22:20

NAcMoS ( Nucleic Acid Modeling System )

プログラム NAcMoS (核酸モデリング システム) は重み付きグラフとして表される Rna の自然分類につながるソフトウェア パッケージです。

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LastUpdate: 2011-12-10 06:18

tem-simulator

フルティルト シリーズ生物試料の透過電子顕微鏡像のシミュレーション。

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Development Status: 4 - Beta
Intended Audience: Advanced End Users, Science/Research
Natural Language: English
Operating System: Linux
Programming Language: C
User Interface: Command-line
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LastUpdate: 2008-11-22 01:23

4DiCeS

4 次元の細胞シミュレータ (4DiCeS) は 4 d セル (全体) 環境のハイブリッド (確率的および確定的な) のモデリングとシミュレーションのフレームワークです。フレームワークは、4 D グリッド レイアウトに適用可能な任意の反応と拡散のアルゴリズムを組み込むことができます。

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LastUpdate: 2005-10-22 11:39

Molevolve

Molevolve はアミノ酸からペプチド鎖の構造を 3次元モデルに遺伝的アルゴリズムを実行する Java ライブラリです。クライアント コードは、独自のペプチド鎖モデル、フィットネス関数および GA 操作を指定できます。JDK 1.5 が必要です。

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LastUpdate: 2007-01-28 08:54

PyMOlyze

PyMOlyze 量子化学 (HF/DFT) 計算の結果を分析するグラフィカル プログラムです。様々 な人口分析、フラグメント解析、構造最適化、およびシンプルな中に監視が備わっていますが、強力な XYZ エディター。

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Development Status: 5 - Production/Stable
Intended Audience: Science/Research
Natural Language: English
Operating System: OS Independent
Programming Language: C++, Python
User Interface: Qt
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LastUpdate: 2006-08-07 00:45

Protein Folding by Genetic Algorithms

遺伝的アルゴリズムによる蛋白質の折畳み蛋白質の既知アミノ酸シーケンスのみを使用してタンパク質立体構造予測する進化的計算法を使用します。

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Database Environment: Flat-file
Development Status: 5 - Production/Stable
Intended Audience: Education
Natural Language: Greek
Operating System: Windows, Windows XP
Programming Language: Visual Basic .NET
User Interface: .NET/Mono
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LastUpdate: 2006-03-14 17:07

ea-fold

ea 倍は進化的アルゴリズムによるタンパク質の折り畳みシミュレーションを実行するプラットフォームです。プログラムは並列分散進化的アルゴリズムと柔軟なフォース フィールドを実装します。

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LastUpdate: 2009-08-27 03:24

Vimes

Vimes: 分子に材料シミュレーション、オープン ソースへのビジュアルインタ フェース python/オープン GL インターフェイスおよび材料シミュレーション プログラム

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LastUpdate: 2011-01-20 23:29

PocketAnalyzerPCA

!PocketAnalyzerPCA タンパク質のポケットを検出する主成分分析とクラスタ リングの幾何学的アルゴリズムを組み合わせたものです。これにより蛋白質の構造の大規模なセットのポケット構造分布の解析と可視化できます。

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LastUpdate: 2014-03-28 10:37

SIMtoEXP

シミュレーション実験のシミュレーション密度情報の直接比較は x 線と中性子から得られる散乱実験、シミュレーション データをフォームの要因に変換することによって可能にするソフトウェアです。また、充填容積モデル スペースに従ってボリューム確率分布を計算します。C++ および Qt で書かれ、SIMtoEXP インタラクティブなプロットを非常にシンプルで使いやすい GUI があります。ソフトウェアは、もともとノルベルト Kucerka によって開発されました。

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Development Status: 4 - Beta
Intended Audience: Science/Research
Operating System: MacOSX, Linux, Windows 7
Programming Language: C++
User Interface: Qt
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LastUpdate: 2014-08-06 16:24

PeptideManager_LRNO

!PeptideManager は、ターゲットを絞ったプロテオミクス手法の設計のためのユニークなペプチド配列の事前選択を支援する目的です。その主な利点はこのペプチッド シーケンスの選択中にホスト/背景プロテオーム (例えば、異種移植サンプル) の存在をようにします。!PeptideManager は様々 な公開リポジトリ !SwissProt/が震えて/!UniProt、!RefSeq (IPI) と様々 なプロテアーゼのペプチッド シーケンス データベースを構築できます。

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Database Environment: SQLite
Development Status: 5 - Production/Stable
Intended Audience: Science/Research
Programming Language: C#
User Interface: .NET/Mono
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LastUpdate: 2014-10-22 08:03

BAIT

ストランド継承を作成するソフトウェアでストランド Seq シーケンス プロトコルから派生したデータがプロットされます。種特異的なデータを読み取るための基本的なテンプレート フォルダーすることができますソフトウェアの種の範囲を柔軟に対応して。さらに、機能がすぐに自動的に妹を予測も含まれます。 染色分け体交換イベント, とゲノム断片このデータを使用して以前にマップするにマップされていません。

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LastUpdate: 2013-04-25 17:06

QMRF

(例えば下に達する http://tinyurl.com/eureach) 化学物質の規制の評価で量的な構造活動モデル (QSAR) ハザードとリスク評価のプロパティの予測にますます重要な役割を遊んでいます。関連 QSARs を識別し、見積もりや事前計算された見積もりへのアクセスがあるにそれらを使用することができる両方しなければをつまり。これらのニーズを満たすため、JRC QSAR モデル データベースに確立され、http://qsardb.jrc.it から自由にアクセスできます。QSAR モデル レポートの形式 (QMRF) は、検証研究の結果を含む QSAR モデルに関する重要な情報を報告をまとめた整合テンプレートです。情報は、検証、原則に従って構成されます。QMRF 形式のモデルについて説明し、データベースに含まれているそれらを持っている JRC-IHCP-COMPUTOX@ec.europa.eu を説明を送信するために QMRF エディター http://tinyurl.com/qmrfeditor をダウンロードします。Http://qmrf.sf.net 以上

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LastUpdate: 2015-05-27 10:10

RAndom Network GEnerator

範囲: ランダムな遺伝子の転写ネットワークの生成ネモ言語では、ときにコンパイル システム生物学のマークアップ言語で出力モデル。合成マイクロ アレイ データを生成したり、ネモ SBML ize、ネットワークを単独で使用して cytoscape で視覚化します。

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