From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Mar 2 17:53:49 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 2 Mar 2015 17:53:49 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjIbJEJGfBsoQigbJEI3bhsoQik=?= Message-ID: <3F06D7FF-E793-48D8-ADC2-25A2703C4039@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月2日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) クラスター解析 (1-1-1) Makefile用のパラメータをPIONEで設定できるようにする ・パラメータ追加時にパラメータ宣言とシーケンスへの登録だけで済むように実装 （書き込み処理に新たに処理を追加する必要がなくなりました） (2) クラスター解析 (2-1) SN比が悪い（0.3 ~ 0.5程度）場合の前処理 現チュートリアルの入力ファイルからSN比のみを変更した画像にて、前処理後に分類できるかを考えます ・サイズ32×32 ・角度（非面内回転4種×面内回転10種） (2-1-1) mrcImageLowPassFilterの-hvpを段々落としてみる -> 0.1 から 0.03(0.01刻み)まで試しましたが、分類できませんでした。 (2-1-2) mrcImageLowPassFilter以外の手法を考える -> Eosのコマンドより模索します (3) API説明 ・lmrcFETnormalizeBySD(API) +3 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析にて前処理の方法を考える PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 715件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 クラスター解析の前処理にてフィルタリングの方法を考えます。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp Mon Mar 2 18:34:20 2015 From: yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp (Takuo Yasunaga) Date: Mon, 02 Mar 2015 18:34:20 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjIbJEJGfBsoQigbJEI3bhsoQik=?= In-Reply-To: <3F06D7FF-E793-48D8-ADC2-25A2703C4039@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> References: <3F06D7FF-E793-48D8-ADC2-25A2703C4039@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> Message-ID: <54F42E9C.5010401@bio.kyutech.ac.jp> 木下さん 　安永です。 　下記、有難うございました。 ノイズがずいぶん大目なので、無理があるかもしれません。 LowPassFilter以外だと、Medianフィルタ(mrcImageSmoothing)辺りが一つの候補 です。 また、今、LowPassFilterは、expを使っていますか？それともGaussを使ってい ますか？ GaussのほうがしっかりとLowPassが掛かります。 以上です。 On 2015/03/02 17:53, Teppei Kinoshita wrote: > eos-documentメンバー各位 > > 木下 哲平です。お世話になっております。 > 本日、3月2日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 > > 【活動項目】 > (1) PIONEチュートリアル > (1-1) クラスター解析 > (1-1-1) Makefile用のパラメータをPIONEで設定できるようにする > ・パラメータ追加時にパラメータ宣言とシーケンスへの登録だけで済むように実装 > （書き込み処理に新たに処理を追加する必要がなくなりました） > > (2) クラスター解析 > (2-1) SN比が悪い（0.3 ~ 0.5程度）場合の前処理 > 現チュートリアルの入力ファイルからSN比のみを変更した画像にて、前処理後に分類できるかを考えます > ・サイズ32×32 > ・角度（非面内回転4種×面内回転10種） > > (2-1-1) mrcImageLowPassFilterの-hvpを段々落としてみる > -> 0.1 から 0.03(0.01刻み)まで試しましたが、分類できませんでした。 > > (2-1-2) mrcImageLowPassFilter以外の手法を考える > -> Eosのコマンドより模索します > > (3) API説明 > ・lmrcFETnormalizeBySD(API) +3 > > 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 > チュートリアル: クラスター解析にて前処理の方法を考える > PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる > PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する > API説明: 715件 > 英語化: メインページ周り > FAQ: 随時追記 > > 【次回の予定】 > クラスター解析の前処理にてフィルタリングの方法を考えます。 > > 以上、よろしくお願いします。 > > 木下 哲平 > -- Takuo Yasunaga Kyushu Institute of Technology 680-4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka, 820-8502, JAPAN From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Mar 3 09:11:30 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 3 Mar 2015 09:11:30 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjIbJEJGfBsoQigbJEI3bhsoQik=?= In-Reply-To: <54F42E9C.5010401@bio.kyutech.ac.jp> References: <3F06D7FF-E793-48D8-ADC2-25A2703C4039@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> <54F42E9C.5010401@bio.kyutech.ac.jp> Message-ID: <56C194FB-FB01-4B78-A84A-B19D1AEA30C0@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> TO: 安永先生 木下です。お世話になっております。 ご助言ありがとうございます。 > ノイズがずいぶん大目なので、無理があるかもしれません。 承知しました。 もう少し、ノイズを減らしたサンプル画像を用意します。 すでにチュートリアルにて実施した入力画像はSN=1ですので、 ここからやや悪くして、hvp=0.1のままではギリギリ分類できない画像を作り、 前処理のパラメータや手法を変えて、分類できるようにします。 （本来は分類が正解か分からないので、正解に近づくと考えられる） > LowPassFilter以外だと、Medianフィルタ(mrcImageSmoothing)辺りが一つの候補 > です。 了解しました。 Medianフィルタでも試して、違いを見てみます。 > また、今、LowPassFilterは、expを使っていますか？それともGaussを使ってい > ますか？ > GaussのほうがしっかりとLowPassが掛かります。 現在、使用しているのはm=4ですのでGaussです。 m=3のexpも使用してみましたが、 確かにGaussの方がギザギザが取れている印象でした。 こちらを使用します。 以上により、下記の内容にて試してみます。 ・入力画像のSNは1から徐々に落として、hvp=0.1でギリギリ分類できないものを使用 ・mrcImageLowPassFilterではm=4のGaussianフィルタを用いる ・mrcImageSmoothingを使った場合も試して、違いを見る 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 On 2015/03/02, at 18:34, Takuo Yasunaga wrote: > 木下さん > > 　安永です。 > > 　下記、有難うございました。 > ノイズがずいぶん大目なので、無理があるかもしれません。 > LowPassFilter以外だと、Medianフィルタ(mrcImageSmoothing)辺りが一つの候補 > です。 > > また、今、LowPassFilterは、expを使っていますか？それともGaussを使ってい > ますか？ > GaussのほうがしっかりとLowPassが掛かります。 > > 以上です。 > > On 2015/03/02 17:53, Teppei Kinoshita wrote: >> eos-documentメンバー各位 >> >> 木下 哲平です。お世話になっております。 >> 本日、3月2日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 >> >> 【活動項目】 >> (1) PIONEチュートリアル >> (1-1) クラスター解析 >> (1-1-1) Makefile用のパラメータをPIONEで設定できるようにする >> ・パラメータ追加時にパラメータ宣言とシーケンスへの登録だけで済むように実装 >> （書き込み処理に新たに処理を追加する必要がなくなりました） >> >> (2) クラスター解析 >> (2-1) SN比が悪い（0.3 ~ 0.5程度）場合の前処理 >> 現チュートリアルの入力ファイルからSN比のみを変更した画像にて、前処理後に分類できるかを考えます >> ・サイズ32×32 >> ・角度（非面内回転4種×面内回転10種） >> >> (2-1-1) mrcImageLowPassFilterの-hvpを段々落としてみる >> -> 0.1 から 0.03(0.01刻み)まで試しましたが、分類できませんでした。 >> >> (2-1-2) mrcImageLowPassFilter以外の手法を考える >> -> Eosのコマンドより模索します >> >> (3) API説明 >> ・lmrcFETnormalizeBySD(API) +3 >> >> 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 >> チュートリアル: クラスター解析にて前処理の方法を考える >> PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる >> PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する >> API説明: 715件 >> 英語化: メインページ周り >> FAQ: 随時追記 >> >> 【次回の予定】 >> クラスター解析の前処理にてフィルタリングの方法を考えます。 >> >> 以上、よろしくお願いします。 >> >> 木下 哲平 >> > > > -- > Takuo Yasunaga > Kyushu Institute of Technology > 680-4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka, 820-8502, JAPAN > From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Mar 3 18:10:14 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 3 Mar 2015 18:10:14 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjMbJEJGfBsoQigbJEIyUBsoQik=?= Message-ID: <36BB7410-8EB6-4663-B315-BB2D7061E57F@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月3日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (2) クラスター解析 (2-1) 前処理(SNが1未満の入力ファイルで実施) ・SN=0.9, サイズ32×32, 角度（非面内回転4種×面内回転10種）を入力画像として実施 (2-1-1) ローパスフィルタ ・hvp=0.1で実施 -> 角度0°と90°の境界が曖昧でグループ分けが難しいと考えられます （4グループとして分けると、小さいグループができる） ・hvp=0.085で実施 -> 4グループとして分けることができ、 各グループで最も多い角度を正解（本来はできないですが）としたとき -> 正解率は32/40でした (2-1-2) メディアンフィルタ ・3×3の矩形で実施（事前にWindowingを施してます） -> 4グループとして分けることができ、 正解率は33/40でした 今後の予定 ・メディアンフィルタにて5×5や球体でも検証する ・バイラテラルフィルタでも検証する ・現在の点数の付け方は正解率が低いケースでの比較に問題がある可能性がある -> 分類の正しさとしての点数付け方法を検討する必要がある 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析にて前処理の方法を考える PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 715件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 メディアンフィルタ、バイラテラルフィルタの前処理によって分類されやすくなるかを検証します。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Mar 4 17:50:11 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 4 Mar 2015 17:50:11 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjQbJEJGfBsoQigbJEI/ZRsoQik=?= Message-ID: <823EF4EB-C0DA-40A7-B622-0EE89EC496FB@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月4日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (2) クラスター解析 (2-1) 前処理(SNが1未満の入力ファイルで実施) ・SN=0.9, サイズ32×32, 角度（非面内回転4種×面内回転10種）を入力画像として実施 (2-1-1) ローパスフィルタ ・hvp=0.085で実施 -> フーリエ画像を追加 (2-1-2) メディアンフィルタ ・3×3の矩形で実施（事前にWindowingを施してます） -> フーリエ画像を追加 ・r=1の球体で実施（事前にWindowingを施してます） -> 正解率は37/40でした ・r=2の球体で実施（粒子がギリギリ入る程度の半径の球にてWindowingしています） -> 正解率は36/40でした (2-2) グループ分けの点数の付け方 (2-2-1)各グループでの平均画像との相関値（正規化された方）の平均で得点とする方法で考えています。 (？付きの記述は後ほどに考えるべきところ) ・この場合、全てのグループが同じ向きでグループ分けされている場合は1(最高得点)となります。 ・グループ内の第２勢力が大きいほど得点は下がると傾向になると考えます。 ？一定以下相関値は？ -> 得点0とする ？得点が低いもの同士の評価は？ -> 正規化を使う -> こちらの考えをベースにPIONEで実装してみようと思います。 -> 作成後に実施分のファイルにて得点を付けてみて、検証します。 -> 何か問題点があればご指摘を頂きたいと思います。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析にて前処理の方法を考える PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 715件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 バイラテラルフィルタの前処理によって分類されやすくなるかを検証します。 また、分類の得点付け処理をPIONEで実装を行いたいと思います。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Mar 5 17:44:10 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 5 Mar 2015 17:44:10 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjUbJEJGfBsoQigbJEJMWhsoQik=?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月5日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (2) クラスター解析 (2-1) 前処理(SNが1未満の入力ファイルで実施) ・SN=0.9, サイズ32×32, 角度（非面内回転4種×面内回転10種）を入力画像として実施 (2-1-1) バイラテラルフィルタ ・正解率が40/40のでした。 -> しかし、ウィンドウイングの掛け方をローパスフィルタと同じにしていませんので、 共通のウィンドウイングを行って比較したいと思います。 -> グループ分けの点数付けの検証後に再実施します。 (2-2) グループ分けの点数の付け方 (2-2-1)各グループでの平均画像との相関値の平均を得点とする ・PIONEにて実装が完了しました。 ・これまで実施したフィルタに点数を付けてみます。 ・点数の低いもの同士の比較も検証してみます。（前処理無しやノイズのみなど） 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析にて前処理の方法を考える PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 715件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 実装したグループ分けの点数付けにて動作を検証し、チュートリアルに記載します。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri Mar 6 18:03:38 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 6 Mar 2015 18:03:38 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjYbJEJGfBsoQigbJEI2YhsoQik=?= Message-ID: <4CABDE67-9615-491A-9E54-07E408DE2E32@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月6日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) クラスター解析 (1-1) グループ分けの点数の付け方 (1-1-1) 各グループでの平均画像とpadファイルとの相関値の平均を得点とする -> ローパスが掛かるほど、得点が高くなる傾向になるので適切ではない。 (1-1-2) 各グループでの平均画像とroiファイルとの相関値の平均を得点とする -> (1-1-1)よりもフィルタの影響は少ないと思いますが、 そもそも相関を使用すると間違いの画像にも得点が引っ張られてしまう。 (1-1-3) (モデル有りの画像のみ)各グループにて最も多く含むモデルを基準として減点方式とする -> PIONEにて実装完了しました。 (1-1-3-1) ローパスフィルタでの検証(Windowing無し) hvp 0.1: 62% hvp 0.085: 80% (1-1-3-2) メディアンフィルタでの検証(Windowing有り) 矩形3x3: 87% 球形r=1: 90% 球形r=2: 72% (1-1-3-3) バイラテラルフィルタでの検証(Windowing無し) デフォルト: 85% ※ 今回の画像ではWindowing無しでもバイラテラルフィルタを掛けると分類しやくなりました。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析にて前処理の方法を考える PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 715件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 今回、実施したグループ分けの点数付けの方法をクラスター解析のチュートリアルに追記します。 実装したPIONEコードはPIONEのチュートリアルに追記し、機能追加手法の観点で解説を加えます。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Mar 9 17:56:52 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 9 Mar 2015 17:56:52 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjkbJEJGfBsoQigbJEI3bhsoQik=?= Message-ID: <5E3D7457-8D87-4828-8FD4-2391C9E557E9@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月9日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) クラスター解析 (1-1) グループ分けの点数の付け方 ・チュートリアル用、ディレクトリにアップロードしました。 (2) API説明(計+15) ・lmrcImageClusterAnalysis(API) +9 ・lmrcImageFeatureExtraction(API) +4 ・lmrcImageFirstNoiseReductionByRelaxation(API) +1 ・lmrcImagePixelSummationOfProbabilityGetByImage(API) +1 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析にて前処理の方法を考える PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 730件(+15) 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 実装したPIONEコードはPIONEのチュートリアルに追記し、機能追加手法の観点で解説を加えます。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Mar 10 17:55:01 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 10 Mar 2015 17:55:01 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjEwGyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: <08EB32CA-A8DF-4C0F-93BE-CB585B54F920@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月10日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) クラスター解析 (1-1) グループ分けの点数の付け方 ・PIONEチュートリアルにて機能追加分のコード、説明を加えました。 (2) API説明(計+51) ・lmrcImageEdgeEnhancement +12 ・nr2 +39 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析の前処理Windowingによる効果を追記する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 777件(再集計しました) 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 クラスター解析の前処理として、Windowingによる効果を追記します。 また、API説明の項目も並行して進めます。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp Tue Mar 10 18:02:44 2015 From: yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp (Takuo Yasunaga) Date: Tue, 10 Mar 2015 18:02:44 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjEwGyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= In-Reply-To: <08EB32CA-A8DF-4C0F-93BE-CB585B54F920@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> References: <08EB32CA-A8DF-4C0F-93BE-CB585B54F920@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> Message-ID: <54FEB334.60503@bio.kyutech.ac.jp> 木下さん 　安永です。 　下記、有難うございます。 NR2に関して、ちょっと問題があるので、一度整理できますか？ 以上です。 On 2015/03/10 17:55, Teppei Kinoshita wrote: > eos-documentメンバー各位 > > 木下 哲平です。お世話になっております。 > 本日、3月10日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 > > 【活動項目】 > (1) クラスター解析 > (1-1) グループ分けの点数の付け方 > ・PIONEチュートリアルにて機能追加分のコード、説明を加えました。 > > (2) API説明(計+51) > ・lmrcImageEdgeEnhancement +12 > ・nr2 +39 > > 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 > チュートリアル: クラスター解析の前処理Windowingによる効果を追記する > PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる > PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する > API説明: 777件(再集計しました) > 英語化: メインページ周り > FAQ: 随時追記 > > 【次回の予定】 > クラスター解析の前処理として、Windowingによる効果を追記します。 > また、API説明の項目も並行して進めます。 > > 以上、よろしくお願いします。 > > 木下 哲平 -- Takuo Yasunaga Kyushu Institute of Technology 680-4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka, 820-8502, JAPAN From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Mar 11 08:42:16 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 11 Mar 2015 08:42:16 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjEwGyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= In-Reply-To: <54FEB334.60503@bio.kyutech.ac.jp> References: <08EB32CA-A8DF-4C0F-93BE-CB585B54F920@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> <54FEB334.60503@bio.kyutech.ac.jp> Message-ID: TO: 安永先生 木下です。 お世話になっております。 > NR2に関して、ちょっと問題があるので、一度整理できますか？ 承知致しました。 段落に10.1のような数値が含まれていて目次が見づらくなっている件は修正しました。 それとも説明内容に誤りが有るので、コードを再確認して修正するということでしょうか。 以上、宜しくお願いします。 On 2015/03/10, at 18:02, Takuo Yasunaga wrote: > 木下さん > > 　安永です。 > > 　下記、有難うございます。 > NR2に関して、ちょっと問題があるので、一度整理できますか？ > > 以上です。 > > On 2015/03/10 17:55, Teppei Kinoshita wrote: >> eos-documentメンバー各位 >> >> 木下 哲平です。お世話になっております。 >> 本日、3月10日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 >> >> 【活動項目】 >> (1) クラスター解析 >> (1-1) グループ分けの点数の付け方 >> ・PIONEチュートリアルにて機能追加分のコード、説明を加えました。 >> >> (2) API説明(計+51) >> ・lmrcImageEdgeEnhancement +12 >> ・nr2 +39 >> >> 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 >> チュートリアル: クラスター解析の前処理Windowingによる効果を追記する >> PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる >> PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する >> API説明: 777件(再集計しました) >> 英語化: メインページ周り >> FAQ: 随時追記 >> >> 【次回の予定】 >> クラスター解析の前処理として、Windowingによる効果を追記します。 >> また、API説明の項目も並行して進めます。 >> >> 以上、よろしくお願いします。 >> >> 木下 哲平 > > > -- > Takuo Yasunaga > Kyushu Institute of Technology > 680-4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka, 820-8502, JAPAN > From yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp Wed Mar 11 08:54:02 2015 From: yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp (Takuo Yasunaga) Date: Wed, 11 Mar 2015 08:54:02 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjEwGyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= In-Reply-To: References: <08EB32CA-A8DF-4C0F-93BE-CB585B54F920@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> <54FEB334.60503@bio.kyutech.ac.jp> Message-ID: <54FF841A.6080209@bio.kyutech.ac.jp> 木下さん 　安永です。 　ちょっと公開するのがまずい部分が含まれている可能性があるので、 ここのコードは整理する予定ですので、オープンにしないで下さいますか。 以上です。 On 2015/03/11 8:42, Teppei Kinoshita wrote: > TO: 安永先生 > > 木下です。 > お世話になっております。 > >> NR2に関して、ちょっと問題があるので、一度整理できますか？ > 承知致しました。 > 段落に10.1のような数値が含まれていて目次が見づらくなっている件は修正しました。 > > それとも説明内容に誤りが有るので、コードを再確認して修正するということでしょうか。 > > 以上、宜しくお願いします。 > > > On 2015/03/10, at 18:02, Takuo Yasunaga wrote: > >> 木下さん >> >> 　安永です。 >> >> 　下記、有難うございます。 >> NR2に関して、ちょっと問題があるので、一度整理できますか？ >> >> 以上です。 >> >> On 2015/03/10 17:55, Teppei Kinoshita wrote: >>> eos-documentメンバー各位 >>> >>> 木下 哲平です。お世話になっております。 >>> 本日、3月10日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 >>> >>> 【活動項目】 >>> (1) クラスター解析 >>> (1-1) グループ分けの点数の付け方 >>> ・PIONEチュートリアルにて機能追加分のコード、説明を加えました。 >>> >>> (2) API説明(計+51) >>> ・lmrcImageEdgeEnhancement +12 >>> ・nr2 +39 >>> >>> 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 >>> チュートリアル: クラスター解析の前処理Windowingによる効果を追記する >>> PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる >>> PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する >>> API説明: 777件(再集計しました) >>> 英語化: メインページ周り >>> FAQ: 随時追記 >>> >>> 【次回の予定】 >>> クラスター解析の前処理として、Windowingによる効果を追記します。 >>> また、API説明の項目も並行して進めます。 >>> >>> 以上、よろしくお願いします。 >>> >>> 木下 哲平 >> >> -- >> Takuo Yasunaga >> Kyushu Institute of Technology >> 680-4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka, 820-8502, JAPAN >> -- Takuo Yasunaga Kyushu Institute of Technology 680-4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka, 820-8502, JAPAN From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Mar 11 17:49:34 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 11 Mar 2015 17:49:34 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjExGyRCRnwbKEIoGyRCP2UbKEIp?= Message-ID: <3081CF29-C031-4E83-9AA6-CD52B8AA81B6@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月11日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) クラスター解析 (1-1) 前処理(Windowing) ・粒子ギリギリの範囲までWindowingを掛けたところ分類の一致数が90%となりました ・さらにローパスフィルタ(hvp=0.1)を掛けたところ95%になりました。 -> やはり粒子以外の情報はできるだけ落とした方が分類の点では有効だと思います。 -> ２つの結果をチュートリアルに記載しました。 -> クラスター解析の項目はこちらで一旦閉じようと思います。 (2) PIONE (2-1) メソッドの説明を追記 ・ルール表現のメソッドを追加 ・パッケージ表現のメソッドを追加 ・データ表現のメソッドを追加 ・特性のメソッドを追加 ・チケット表現のメソッドを追加 ・パラメータセットのメソッドを追加 (3) コマンド実行例 ・mrcImageEdgeEnhancementの実行例を追加 ・mrcImageFloatingの実行例を追加 (4) API説明(計+27) lmrcImageFloating(API) +2 lmrcImageFourierNeighborCorrelation(API) +3 lmrcImageFourierShellCorrelation(API) +2 lmrcImageProjection(API) +1 lmrcImagePosterization(API) +1 lmrcImageMorphology(API) +18 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 765件(nr2の分を引きました) 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 PIONEの説明とAPI説明のを並行して進めたいと思います。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Mar 12 17:49:39 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 12 Mar 2015 17:49:39 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjEyGyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: <44D96F4A-93B9-4D64-97FD-70064A93E9A2@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月12日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONE ・TIPS（関連のある項目へリンクを貼る） ・ループ文の記述例としてチュートリアルへリンクを貼りました。 (2) コマンド実行例 mrcImageLogicalOperation mrcImageToneReversal (3) コマンドオプション説明 mrcImageHoughTransform mrcImageHoughTransformInverse probabilityDensityFunction ctfEnvelopFunctionEstimate dm2mrc dmInfo energyTransferModelCheck eosPointProjector mrcImageAutoRotationAverage mrcImageFFTSetsExtract mrcImageMeanFreePathCalc mrcImageShapeSearch mrcImageStack pdbListVectorCalc pdbRhoFitCoiledCoil pointsSetToPDB (4) API説明(計+26) lmrcImageHoughTransform(API) +10 lmrcImageLogic(API) +2 lmrcImageNoiseCreate(API) +1 lmrcImageOneLineSimilarityCalc(API) +1 lmrcImageFOMCalc(API) +3 lmrcImageSpatialFrequencyFilter(API) +1 lmrcImageTone(API) +1 lmrcSinogramFETcorrelationMap(API) +4 lmrcSinogramFETnormalizedMap(API) +3 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 791件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 PIONEの説明とAPI説明のを並行して進めたいと思います。 なお、明日はお伝えしました通りお休みさせて頂きます。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp Thu Mar 12 19:53:54 2015 From: yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp (Takuo Yasunaga) Date: Thu, 12 Mar 2015 19:53:54 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjEyGyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= In-Reply-To: <44D96F4A-93B9-4D64-97FD-70064A93E9A2@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> References: <44D96F4A-93B9-4D64-97FD-70064A93E9A2@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> Message-ID: <55017042.6060606@bio.kyutech.ac.jp> 木下さん 　安永です。 　下記、有難うございました。 一気に進みましたね。 残りもう少しですが、今後とも宜しくお願いします。 以上です。 On 2015/03/12 17:49, Teppei Kinoshita wrote: > eos-documentメンバー各位 > > 木下 哲平です。お世話になっております。 > 本日、3月12日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 > > 【活動項目】 > (1) PIONE > ・TIPS（関連のある項目へリンクを貼る） > ・ループ文の記述例としてチュートリアルへリンクを貼りました。 > > (2) コマンド実行例 > mrcImageLogicalOperation > mrcImageToneReversal > > (3) コマンドオプション説明 > mrcImageHoughTransform > mrcImageHoughTransformInverse > probabilityDensityFunction > ctfEnvelopFunctionEstimate > dm2mrc > dmInfo > energyTransferModelCheck > eosPointProjector > mrcImageAutoRotationAverage > mrcImageFFTSetsExtract > mrcImageMeanFreePathCalc > mrcImageShapeSearch > mrcImageStack > pdbListVectorCalc > pdbRhoFitCoiledCoil > pointsSetToPDB > > (4) API説明(計+26) > lmrcImageHoughTransform(API) +10 > lmrcImageLogic(API) +2 > lmrcImageNoiseCreate(API) +1 > lmrcImageOneLineSimilarityCalc(API) +1 > lmrcImageFOMCalc(API) +3 > lmrcImageSpatialFrequencyFilter(API) +1 > lmrcImageTone(API) +1 > lmrcSinogramFETcorrelationMap(API) +4 > lmrcSinogramFETnormalizedMap(API) +3 > > 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 > PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる > PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する > API説明: 791件 > 英語化: メインページ周り > FAQ: 随時追記 > > 【次回の予定】 > PIONEの説明とAPI説明のを並行して進めたいと思います。 > なお、明日はお伝えしました通りお休みさせて頂きます。 > > 以上、よろしくお願いします。 > > 木下 哲平 > -- Takuo Yasunaga Kyushu Institute of Technology 680-4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka, 820-8502, JAPAN From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Mar 16 18:44:18 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 16 Mar 2015 18:44:18 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjE2GyRCRnwbKEIoGyRCN24bKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月16日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) API説明(計+30) Cluster(API) +30 -> clusterLogWriteBinary2のコードにて気になる箇所がありましたので、 チケット#34993を切らせて頂きました。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 821件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 PIONEの説明とAPI説明のを並行して進めたいと思います。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Mar 17 17:40:20 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 17 Mar 2015 17:40:20 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjE3GyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月17日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) API説明(計+31) lCommonLineCalculation(API) +2 lDescartesIntoPolar(API) +3 eosFunc(API) +2 eosPThread(API) +9 Socket(API) +3 eosCuda(API) +2 hf2000(API) +6 lhf2000LenzCurrent(API) +2 lhf2000SpecimenPosition(API) +2 (2) コマンド実行例 ・Polar2Descartes (3) PIONEチュートリアル-PNML ・現時点でのPNML記法仕様書よりチュートリアルの項目を追加（段落のみ） -> 但し、こちらの資料はまだ更新途中とのことですので、今後も追加・変更を予定しています。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: 現時点でのPIONE仕様からチュートリアル（予定）を追加する PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 852件(+31) 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 PIONEの説明とAPI説明のを並行して進めたいと思います。 PIONEは現実装から追加できる点と現仕様により追加が予想される項目を記載します。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Mar 18 18:08:49 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 18 Mar 2015 18:08:49 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjE4GyRCRnwbKEIoGyRCP2UbKEIp?= Message-ID: <08D84CE1-3EEE-447E-9D9A-CDA5397CF21E@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月18日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) API説明 lmolvie内編集中 -> お伝えしました通りeosOpenGLとtransformにて計1000件を予定しております。 (2) lmolvie Eosの更新・リビルドによりmolvieが作成されました。 （molvie -hにてヘルプが見れました） -> しかし、入力ファイルにpdbを指定して起動したところ途中でエラーが発生し、 起動までには至りませんでした。下記の段階でエラーとなりました。 /img$ molvie -i 1ATOMFil1.pdb pdbcenter: 100.000000, 2265.902100, 100.000000, 0.000000, 1132.951050, 0.000000 h = 2139.312012 setMyCamera, h: 0.000000, 2139.312012 resetMyCamera, pdbCenter: 0.000000, 1132.951050, 0.000000, 2139.312012 atom:85 Camera:: 0.000000,1132.951050,2139.312012 Start myDisplayListMakeAtom /Eos/bin/molvie: line 110: 67857 Segmentation fault: 11 ${EOS_HOME}/bin/${OSTYPE}/${BASENAME} "$@" -> 原因はまだ分かっておりませんが、APIの説明編集と並行して調査してみます。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: 現時点でのPIONE仕様からチュートリアル（予定）を追加する PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 852件(eosOpenGLとtransformを編集する) 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 eosOpenGLのAPI説明また動作確認を予定しております。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Mar 19 17:41:07 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 19 Mar 2015 17:41:07 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjE5GyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: <4469B219-C137-4173-A0C2-328330D68B1B@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月19日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) API説明 lmolvie内編集中 62 / 97 (残り 35件) (2) lmolvie 現状、起動の途中でエラーとなってしまいます。 (試行) ソースコードを見ると、通常の画面表示は下記で設定されています。 glutDisplayFunc(lmolvieDisplayNormal) これをテスト用のlmolvieDisplayTestに差し替えて glutDisplayFunc(lmolvieDisplayTest) としたところ、molvieの画面は起動しました。 しかし、画面には何も表示されません（真っ白）でした。 （glutWireSphereを呼んでいるので、少なくとも球が表示されると思います） 引き続きAPI説明と並行して、調査してみます。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: 現時点でのPIONE仕様からチュートリアル（予定）を追加する PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 914件 (+62件) (eosOpenGLとtransformを編集する) 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 引き続きeosOpenGLのAPI説明また動作確認を行います。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri Mar 20 17:35:48 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 20 Mar 2015 17:35:48 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjIwGyRCRnwbKEIoGyRCNmIbKEIp?= Message-ID: <0554BC73-BF5A-4B02-A804-E3E7792D9B93@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月20日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) API説明(前回分含む) 計 +99 lmolvie +76 lmolvieProteinStatus(API) +17 molvieDefault(API) +1 molvieDockDefault(API) +1 molvieFlightDefault(API) +1 molvieMrcViewerDefault(API) +1 molvieProjectionDefault(API) +1 molvieViewerDefault(API) +1 ※ 昨日のAPI数に誤りがありましたので、正しい数に修正しました。 (補足) lmolvie.hにある下記の関数2件が別のファイルにも記載されていました。 こちらはlmolvie(API)の方に説明をつけて、別のファイルの方にはリンクで誘導しています。 なお、これらの関数はAPIの数をlmolvie(API)の方のみをカウントしています。 (関数1) lmolvieProjectionKeyboard (ファイル名) molvieProjectionDefault.h (関数2) lmolvieDisplayNormal (ファイル名) lmolvieProteinStatus.h (2) lmolvie 現状、起動の途中でエラーとなってしまいます。 (試行) エラーとなっている箇所を追いました。 glutDisplayFunc(lmolvieDisplayNormal) -> lmolvieDisplayNormal (lmolvieDisplayNormal.c) -> myDisplayListMakeAtom (lmolvieDisplayListMake.c) このmyDisplayListMakeAtom内(41行目付近)にて pdbIn=get_pdb(); で取得したpdbInのメンバに触れた瞬間に強制終了しているようです。 しかし、get_pdb（lmolviePDBRead.c）からは予めlmolviePDBreadで読み込んだPDBが存在し、 get_pdb内でpdbInのメンバーを出力することもできていました。 get_pdb内外でpdbInのアドレスを確かめましたが、いずれも同じ場所を指しており、 特に問題ないように思いました。 まだ原因を突き止めるに至りませんでした。 (3) コマンド ヘルプは確認できますので、オプション説明を追記しました molvie molvieDock molvieFlight molvieMrcViewer molvieProjection molvieViewer 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: 現時点でのPIONE仕様からチュートリアル（予定）を追加する PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 951件 (再集計しました) (transformを編集する) 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 transformのAPI説明編集またmolvieの動作確認を行います。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Mar 23 17:46:02 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 23 Mar 2015 17:46:02 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjIzGyRCRnwbKEIoGyRCN24bKEIp?= Message-ID: <8DD7AC6F-C009-47F6-9C9A-372ADBD73B75@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月23日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) API説明 計 +13 lmrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization(API) +12 lmrcImageFileListAndEulerAngleDataRead(API) +1 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: 現時点でのPIONE仕様からチュートリアル（予定）を追加する PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 964件 (+13) (transformを編集する) 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 引き続きtransformのAPI説明を編集します。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Mar 24 17:43:34 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 24 Mar 2015 17:43:34 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjI0GyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: <7A167487-559E-4DC0-859B-9D9CADA9CD8A@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月24日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) API説明 計 +18 lEvaluateCorrelationMapwithCommonLine(API) +2 lFETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting(API) +9 lFETOrientationSearchByAnnealing(API) +7 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: 現時点でのPIONE仕様からチュートリアル（予定）を追加する PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 982件 (+18) (transformを編集する) 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 引き続きtransformのAPI説明を編集します。 API説明を計1000件編集後は PIONEのドキュメントの更新状況を確認しながら、 追加及び予定の項目を記載したいと思います。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Mar 25 17:07:21 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 25 Mar 2015 17:07:21 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjI1GyRCRnwbKEIoGyRCP2UbKEIp?= Message-ID: <548E1347-8488-40F9-AEF4-3C3ECED8D956@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月25日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) API説明 計 +27 lFETOrientationSearchByFeatureAlignment(API) +27 こちらでAPI総数が1000件となりました。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: 現時点でのPIONE仕様からチュートリアル（予定）を追加する PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する Small Tools: 新規コマンドにて説明を追記する 英語化: メインページ周り API説明: 1009件 (+27) (1000件を超えました) FAQ: 随時追記 【次回の予定】 PIONEの追加仕様からチュートリアルを編集します。 PNMLの項目は変換前のデータは作成できるかと思いますので、 後ほど実施できるように入力データを挙げる予定です。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Mar 26 17:34:37 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 26 Mar 2015 17:34:37 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjI2GyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: <484AAC7F-065C-4DE8-AC04-3BA580A807D8@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月26日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONE-PNMLチュートリアル (1-1) 基本４ パラメータの定義 ・入力ファイルを追記・アップロード（実行結果はなし） (1-2) 基本６ 入力にnullを使用する ・実行例を2種類追加 ・単純にnullを入力した場合 ・条件式を加えた例 (2) PIONEチュートリアル (2-1) 基本７ 条件文 (2-1-1) デバッグのための条件文 ・デバッグ用の出力ファイルの切り替えを簡単に行う例を追記 （予め記述するとパラメータで指定したファイルがMainまで引き上げられる仕組み） (3) Small Toolsの説明 ・mrcImageMeanFreePathの説明を更新 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: 現時点でのPIONE仕様からチュートリアル（予定）を追加する PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する Small Tools: 新規コマンドにて説明を追記する 英語化: メインページ周り API説明: 1009件 (1000件を超えました) FAQ: 随時追記 【次回の予定】 引き続きPIONE(-PNML)のチュートリアルを編集します。 実行予定の入力データを追記・アップロードし、現時点で実行できる分は実行例も追記します。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri Mar 27 17:31:15 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 27 Mar 2015 17:31:15 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjI3GyRCRnwbKEIoGyRCNmIbKEIp?= Message-ID: <90A5542E-39EC-4192-9D21-C9CB757BE2FB@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月27日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONE-PNMLチュートリアル 下記にてPNML, マークダウンファイルを追加（実行結果無し） (1-1) 基本５ 条件文 ・出力if分岐を追加（実行結果無し） ・case分岐を追加（実行結果無し） ・出力case分岐を追加（実行結果無し） (1-2) 基本７ ランダム適用 (1-3) 基本８ 入力のor結合 (1-4) 基本９ 出力分解 (1-5) 基本１０ 入力並列化 (1-6) 基本１１ 出力同期化 ※ PIONEバージョンアップ後にチュートリアルを実行される方へ -> 上記（＋基本４）のファイルは現在のPIONEのバージョンにて未実装ですので、 動作確認が取れておりません。 もし、バグなどありましたら、お手数ですが修正をお願い致します。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: 現時点でのPIONE仕様からチュートリアル（予定）を追加する PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する Small Tools: 新規コマンドにて説明を追記する 英語化: メインページ周り API説明: 1009件 (1000件を超えました) FAQ: 随時追記 【次回の予定】 引き続きPIONE(-PNML)のチュートリアルを編集します。 実行予定の入力データを追記・アップロードし、現時点で実行できる分は実行例も追記します。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Mar 30 17:47:48 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 30 Mar 2015 17:47:48 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjMwGyRCRnwbKEIoGyRCN24bKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月30日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEコマンド タプル空間独立化関連のコマンド（未実装）について編集 ・pione-notification-listener ・pione-tuple-space-broker ・pione-client ・pione-tuple-space-broker (2) PIONEチュートリアル (2-1) 基本１２: チケット ・シーケンスを利用した複数チケットの例を追記 (2-2) 基本１６: ランダム ・出力ファイルのランダムの記述例を追加（動作未確認） (3) PIONE定義書の項目追加 (3-1) 変数束縛文 (3-2) 特性定義 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 PIONEチュートリアル, TIPS: 現時点でのPIONE仕様からチュートリアル（予定）を追加する PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する Small Tools: 新規コマンドにて説明を追記する 英語化: メインページ周り API説明: 1009件 (1000件を超えました) FAQ: 随時追記 【次回の予定】 PIONE、EOSの両方にて追記可能項目を編集します。 また、引き継ぎの作業等ありましたらそちらも実施します。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Mar 31 17:16:49 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 31 Mar 2015 17:16:49 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjMbJEI3bhsoQjMxGyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: <2530167A-6063-4447-9CF9-42C96D06B9C5@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、3月31日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) コマンド (1-1) 下記にてフーリエ画像を追加しました ・mrcImageHighPassFilter ・mrcImageBandPassFilter (1-2) オプション説明の追記 ・arrayPCA ・mrcImageAutoTriming (1-3) 実行例の追記 ・bmp2mrc ・bmpFileInfo (2) SourceForgeのチケット整理 残っている作業にて新たにチケットを発行致しました。 -> なお、Sourceforgeの私のアカウントにてメールアドレスを変更しておりますので、 ご指摘・ご用件等ありましたらこちらまで連絡頂ければ幸いです。 以上にて、Eospediaでの編集活動を完了させて頂きます。 大変お世話になり、勉強になり、さらに観点を広げることができました。 これまでありがとうございました。 木下 哲平