From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Feb 2 19:49:57 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 2 Feb 2015 19:49:57 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjIbJEJGfBsoQigbJEI3bhsoQik=?= Message-ID: <483F6821-C1D6-41C5-92A3-FB95FD2E6E29@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月2日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) 最新のMakefileをPIONEで作成 (1-1) 単粒子解析 速度アップについて、下記の３点に注意します。 (1) ルールはできるだけ長く書く（大きい処理を並列した方が効率が良いため） (2) 入力と出力は最低限に書く (3) 組み合わせによって作成されるタプル空間が発散しないようにする -> こちらに関してはひとまず基本５：直列の補足にて例を記載する予定です。 -> また、現在の応用４にてルールの構成を見直します。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: 単粒子解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 引き続き、MakefileをベースとしたPIONE定義書の作成を行います。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Feb 3 18:02:13 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 3 Feb 2015 18:02:13 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjMbJEJGfBsoQigbJEIyUBsoQik=?= Message-ID: <583597AA-F2F8-4E33-8BA3-6EA750B2B6D7@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月3日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) 基本５ ・基本５の補足としてルールを分けない方が速くなる例を挙げました。 （ルール１つ挟んだだけでもかなりのロスがありました） (1-2) 単粒子解析 ・応用４にて(1-1)と同様にルールを合わせて速度が改善される様子を ログの比較も含めて、記載しました。 ・Preprocessにて.roiから一気に.padまで作成するようにルールを変更 -> 以降の処理でもルールをまとめて実行できるようにします。 -> 但し、現在mrc2Dto3Dにてエラーが起きていますので、 こちらを解決してからの編集になると思います。 /Eos$ mrc2Dto3D -h dyld: Library not loaded: @rpath/libcudart.5.5.dylib Referenced from: /Eos/bin/X86MAC64/mrc2Dto3D Reason: image not found /Eos/bin/mrc2Dto3D: line 110: 44765 Trace/BPT trap: 5 ${EOS_HOME}/bin/${OSTYPE}/${BASENAME} "$@" ※ .Dependは全て削除できたと思いますので、また別の原因があるかを探っていきます。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: 単粒子解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 mrc2Dto3Dの問題の解決と、PIONEチュートリアルの単粒子解析を引き続き実施します。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp Tue Feb 3 18:38:32 2015 From: yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp (Takuo Yasunaga) Date: Tue, 03 Feb 2015 18:38:32 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjMbJEJGfBsoQigbJEIyUBsoQik=?= In-Reply-To: <583597AA-F2F8-4E33-8BA3-6EA750B2B6D7@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> References: <583597AA-F2F8-4E33-8BA3-6EA750B2B6D7@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> Message-ID: <54D09718.1000000@bio.kyutech.ac.jp> 木下さん 　安永です。 　 　ありがとうございます。 On 2015/02/03 18:02, Teppei Kinoshita wrote: > eos-documentメンバー各位 > > 木下 哲平です。お世話になっております。 > 本日、2月3日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 > > 【活動項目】 > (1) PIONEチュートリアル > (1-1) 基本５ > ・基本５の補足としてルールを分けない方が速くなる例を挙げました。 > （ルール１つ挟んだだけでもかなりのロスがありました） > > (1-2) 単粒子解析 > ・応用４にて(1-1)と同様にルールを合わせて速度が改善される様子を > ログの比較も含めて、記載しました。 > ・Preprocessにて.roiから一気に.padまで作成するようにルールを変更 > -> 以降の処理でもルールをまとめて実行できるようにします。 > -> 但し、現在mrc2Dto3Dにてエラーが起きていますので、 > こちらを解決してからの編集になると思います。 > > /Eos$ mrc2Dto3D -h > dyld: Library not loaded: @rpath/libcudart.5.5.dylib > Referenced from: /Eos/bin/X86MAC64/mrc2Dto3D > Reason: image not found > /Eos/bin/mrc2Dto3D: line 110: 44765 Trace/BPT trap: 5 ${EOS_HOME}/bin/${OSTYPE}/${BASENAME} "$@" これがcudaのインストールが必要になったことによるものです。 少し整理して連絡いたします。 以上です。 > > ※ .Dependは全て削除できたと思いますので、また別の原因があるかを探っていきます。 > > 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 > チュートリアル: 単粒子解析のMakefileをPIONEで作成する > PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる > PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する > API説明: 712件 > 英語化: メインページ周り > FAQ: 随時追記 > > 【次回の予定】 > mrc2Dto3Dの問題の解決と、PIONEチュートリアルの単粒子解析を引き続き実施します。 > > 以上、よろしくお願い致します。 > > 木下 哲平 -- Takuo Yasunaga Kyushu Institute of Technology 680-4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka, 820-8502, JAPAN From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Feb 4 19:27:00 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 4 Feb 2015 19:27:00 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjQbJEJGfBsoQigbJEI/ZRsoQik=?= Message-ID: <9519CBFF-DD26-4811-952F-D85B483516CC@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月4日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) 単粒子解析 ・応用４にてCreate_fit, Create_3dlst, Create_3dの改善 ※ mrc2Dto3DはConfig/Define.incのEXTRA_LIBを空にして一時的にコンパイルを通しています。 -> 全体的に改善できたので、次回は元のmakefileとの処理時間差を検証します。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: 単粒子解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 (1)にて元のmakefileとの処理時間差を検証して編集します。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Feb 5 17:43:49 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 5 Feb 2015 17:43:49 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjUbJEJGfBsoQigbJEJMWhsoQik=?= Message-ID: <54ADE3B8-0A42-48F2-8D50-AECB2FF63763@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月5日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) 単粒子解析 (1-1-1) 応用４のコード改善 ・ソースコード更新 (1-1-2) 処理時間比較 ・元Makefile、改善前(-t 2)、改善後(-t 2)の処理時間を比較 　-> 9分 -> 7分 -> 5分と速くなりました。（-t 4にすると3分） -> 今回のコード改善は有効だったと考えます。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: 単粒子解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 次回は下記を予定しています。（ご希望あればそちらを優先します） ・(1)において追加機能を加える。（後付けしやすい実装方法について考えます） 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri Feb 6 18:04:33 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 6 Feb 2015 18:04:33 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjYbJEJGfBsoQigbJEI2YhsoQik=?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月6日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) 単粒子解析 (1-1-1) 応用４にて機能追加のための実装を追加１ ・Display2でroiファイルを作成するルールを追加し、その方法を記述 (1-1-2) 応用４にて機能追加のための実装を追加２ ・精密化のための処理の繰り返しの方法を作成中です。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: 単粒子解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 (1-1-2)の繰り返し処理を引き続き進めていきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Feb 9 20:01:22 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 9 Feb 2015 20:01:22 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjkbJEJGfBsoQigbJEI3bhsoQik=?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月9日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) 単粒子解析 ・応用４にて精密化のための繰り返し処理を作成 -> 動作を検証してドキュメントにまとめます。 -> その後、ヘルプを組み込む方法を考えます。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: 単粒子解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 繰り返し処理の内容をドキュメントに追記します。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Feb 10 19:08:48 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 10 Feb 2015 19:08:48 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjEwGyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月10日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) 単粒子解析 ・本日、更新はできませんでしたので、次回動作検証の結果を編集します。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: 単粒子解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 繰り返し処理の内容をドキュメントに追記します。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Feb 12 23:27:55 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 12 Feb 2015 23:27:55 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjEyGyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: <8E9D0524-D368-4A0D-BA1F-C5BF99B58EE8@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月12日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) 単粒子解析 ・本日、更新はできませんでした。 -> Makeコマンドを利用して双方のメリットを得る方法を考えます。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: 単粒子解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 繰り返し処理の内容をドキュメントに追記します。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Feb 16 19:44:48 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 16 Feb 2015 19:44:48 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjE2GyRCRnwbKEIoGyRCN24bKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月16日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) 単粒子解析 ・繰り返し処理を追加 (1-2) クラスター解析 ・前処理を指定したタスク毎に分割して動作させる -> 例えば、10000枚の画像を1000枚毎に分けて処理する -> 仕組みは考えました -> 次回、クラスター解析の前処理に組み込んで動作比較を行います。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: 単粒子解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 クラスター解析の前処理にて指定した分割で処理する内容を作成します。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Feb 17 18:13:35 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 17 Feb 2015 18:13:35 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjE3GyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: <4F3A29B8-6D4B-4EDD-9308-086323AED14B@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月17日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) クラスター解析 ・前処理を指定したタスク毎に分割して動作させる -> 例えば、10000枚の画像を1000枚毎に分けて処理する -> コードの実装完了しました。 -> これから動作してみて結果を検証します。 (32×32の10000枚を単独、2並列、4並列) ・グループ毎の平均画像についてのリファインメントにて並列化を行う。 -> リストの分割までを実装しており、次回はこのグループ毎で処理するように実装 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: 単粒子解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 クラスター解析のリファインメントの並列処理の実装を続けます。 ※ 本日は前処理の分割処理の動作検証のためにPCを点けたままにしております。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Feb 18 17:46:14 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 18 Feb 2015 17:46:14 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjE4GyRCRnwbKEIoGyRCP2UbKEIp?= Message-ID: <119172F1-70C3-417E-995C-9CC1FFD5FBE2@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月18日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) クラスター解析 (1-1-1) 前処理 ・1000枚、10000枚について、タスク数(-t 1 2 4)に分けた処理をそれぞれ比較 -> 残念ながら、速度アップにつなげることはできませんでした。 -> データ転送に対して前処理が速いためでした。 -> しかし、今回の指定したタスク数に分ける処理は流用できますので、 他の箇所で有効な場合に適用したいと考えています。 (1-1-2) 指定したグループ毎で平均画像のリファインメントを行う ・分割したリストに応じて.padファイルや.avgファイルも仕分けする必要が有るので、 拡張子にグループNo.を付加（例 .pad1や.avg1など） ・それぞれのグループ毎にリファインメントを行うルールを作成中 -> .padsortlistと.treeinfoを用いて、.avgファイルと.padファイルの対応リストを作成する -> ここでできた対応リストを使ってリファインメントを行います。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 クラスター解析のリファインメントの並列処理の実装を続けます。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Feb 19 17:50:29 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 19 Feb 2015 17:50:29 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjE5GyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: <16F191BF-B05E-4929-84A5-3DD440837F69@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月19日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) クラスター解析 (1-1-1) 前処理 ・サイズが大きい場合でタスク振り分けが有効かを検証 ・試しに512 × 512の100枚で検証 ・単独 ->15秒程度 ・-t 2 -> 7秒強 ・-t 4 -> 8秒強 ・-t 10 -> 8秒強 ・効果がありそうなので、他のサイズ(256, 512, 1024, 2048, 4096)でも検証を行います。 (1-1-2) 指定したグループ毎で平均画像のリファインメントを行う ・平均画像毎にどの画像グループが元になっているかのリストを作成し、 それを元にリファインメントを行う。 -> リストは根の上位から作成する -> コーディング中 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 クラスター解析のリファインメントの並列処理の実装を続けます。 ※ 本日、前処理の動作検証のためにPCを点けたままにしております。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri Feb 20 17:57:06 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 20 Feb 2015 17:57:06 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjIwGyRCRnwbKEIoGyRCNmIbKEIp?= Message-ID: <5F1CFA36-0970-4D2B-9BB1-DCBFCA54B107@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月20日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) クラスター解析 (1-1-1) 前処理 ・サイズが大きい場合でタスク振り分けが有効かを検証(t=1, 2, 4, 10) ・サイズ256, 512, 1024, 2048, 4096の100枚で実施 -> 2048まではt=1のときに比べて6 ~ 8割程度軽減された(4096のときは9割程度) -> 4096のときは改善の度合いが小さいですが、 それでもシングルタスクより若干速いため有効と考えられます。 -> 後ほどファイル数との関係も試して記述したいと思います。 (これは平均画像のリファインメントの後に予定しています) 【報告事項】 現在、ProMを起動してファイルをインポートすると、 PCを再起動しないと再びインポートできない状態です。（UIやターミナル再起動でも効果なし） ・他のバージョンのProMを使用しても同様でした。 原因が分かりません（javaのアップデート？）ので、とりあえず閲覧したいログを複数選択で 全て開くようにして、インポートを１回で行うようにします。 これまで再描画処理などが機能していない場合がありましたので、 そもそも何かライブラリが足りないか、バージョンが合っていないかもしれません。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 クラスター解析のリファインメントの並列処理の実装を再開します。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Feb 23 19:27:01 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 23 Feb 2015 19:27:01 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjIzGyRCRnwbKEIoGyRCN24bKEIp?= Message-ID: <520D2162-44F9-4BC1-A8AF-A1317B38848D@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月23日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) クラスター解析 (1-1-1) リファインメント(下記の内容を実装) ・平均画像に対するリストの作成 -> デバッグ中 ・分割した平均画像とリストについて指定回数だけリファインメント -> mrcIMageAutoRotationCorrelationとmrcImageAverageを使用 ・分割できない平均画像を同様に指定回数だけリファインメント -> リスト作成の箇所にバグが残っているようですので、デバッグ後に動作検証をします。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 クラスター解析のリファインメントのリスト作成部分をデバッグした後に動作を検証します。 動作検証で使用する画像では明らかに向きの違う画像のグループを入力として実行し、 リアファインメントを行うことによって、どの平均画像を選ぶかを決定しやすくなる ことを示したいと考えております。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Feb 24 17:51:27 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 24 Feb 2015 17:51:27 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjI0GyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: <27C84BBB-6A03-430A-8E9E-A1A8721BEDCD@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月24日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) クラスター解析 (1-1-1) リファインメント ・実装完了 ・実装例としてチュートリアルに記載 (1-1-2) 動作確認 ・リファインメントを行う毎に平均画像が補正されているが、 現在の使用している画像では視覚的に分かりにくい。 -> Makefileが現在32×32の処理となっているためこれを指定したサイズで実行できるように対応する -> 対応後に大きめの画像を使って、リファインメントを行うことにより判別しやすい例を挙げる。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 実装したクラスター解析について(1-1-2)の方針にて動作検証を行います。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Feb 25 18:35:56 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 25 Feb 2015 18:35:56 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjI1GyRCRnwbKEIoGyRCP2UbKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月25日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) クラスター解析 ・動作検証 ・平均画像の境界を目視で確認できるための入力画像の作成 ・64×64ピクセル、SN=1で同じ向きの画像を２種類の向きで20枚程度用意して実行すると、 平均画像の切り分けが目視で可能でした。（リファインメントにより画像も若干変化がありました） -> 枚数を増やして目視の切り分けができるかを検証します。 -> 下記の条件で実行中です。（明日結果を記載する予定です） ・枚数: 480枚(向き12種×ノイズ40種) ・ピクセル数: 64×64 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 動作検証の結果を記載し、リファインメントの効果が確認できた場合はさらに速度について検証します。 ※ 本日、動作検証のためにPCを点けたままにしております。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Feb 26 17:44:28 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 26 Feb 2015 17:44:28 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjI2GyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: <3DB58F25-3740-4A66-A98E-EC981110569D@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月26日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) クラスター解析 ・動作検証 ・枚数: 480枚(向き12種×ノイズ40種) ・ピクセル数: 64×64 -> 目視によって、画像の切り分けができました。 -> しかし、リファインメント前でも画像の切り分けが可能で目視では画像の差異を探すのが難しいです。 -> リファインメントによって平均画像が改善されていることは 元の画像とのRMSDが小さくなることで示そうと思います。 （繰り返し回数によって値が減少傾向にあるグラフを挙げる予定です） -> 現状のコードにグラフ用RMSDデータを出力する処理を加えます。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 リファインメントの効果を検証するためのグラフ作りを行います。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri Feb 27 17:56:26 2015 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 27 Feb 2015 17:56:26 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjIbJEI3bhsoQjI3GyRCRnwbKEIoGyRCNmIbKEIp?= Message-ID: <001041DF-23D6-42CD-A680-910BDC0EA308@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、2月27日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動項目】 (1) PIONEチュートリアル (1-1) クラスター解析 (1-1-1) リファインメント動作検証（処理速度の観点から検証します） ・枚数: 54枚(向き27種×シフト2種×ノイズ1種) ・ピクセル数: 32×32 ・タスク数: -t 1, 2, 4 -> 全処理は t=1で5分強, t=2で4分程度, t=4で3分強 -> リファインメントは t=1で3分強, t=2, 4で1分強(t=4の方が若干短い) 上記の結果が得られて今回は並列処理が有効でした。 -> 但し、リファインメントによって画像自体の判別がしやすくなることの検証が残っています。 -> これについては今回のPIONEチュートリアルを終えてから、 クラスター解析用チュートリアルの項目として検証します。 (1-1-2) Makefile用のパラメータをPIONEで設定できるようにする ・元にしたMakefileではMakefile.configでパラメータが与えられている -> これをPIONEのパラメータで設定できるようにする (方法) PIONEでMakefile.configを新たに作成し、パラメータを書き込む -> 実装完了(同様のMakefile.configが作成されます) -> 但し、現状パラメータを新たに追加するときに書き込む処理にも追加する必要があるので、 パラメータを追加するだけにできないかを考えます 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 チュートリアル: クラスター解析のMakefileをPIONEで作成する PIONEチュートリアル, TIPS: PIONEのメソッド一覧の使用例を挙げる PIONE-Webclient: 新しい操作説明となる場合に実行例を追記する API説明: 712件 英語化: メインページ周り FAQ: 随時追記 【次回の予定】 (1-1-2)のパラメータ設定にてパラメータ設定の部分を使いやすく（書きやすく）する方法を検討します。 その後にクラスター解析のチュートリアルを編集する予定です。 以上、よろしくお願いします。 木下 哲平