Jmol/JSmol は、3次元の分子化学構造のためのビュワーで、次のそれぞれ4つのモードで働きます。jQuery を用いる HTML5-only のウェブアプリケーションとして、Java applet として、スタンドアローンの Java プログラム (Jmol.jar) として、そして、"headless" なサーバーサイドのコンポーネント (JmolData.jar)として。 Jmol は次に示すような複数のファイルタイプに対応しています。PDB, CIF, SDF, MOL 形式の他、PyMOL PSE や Spartan のファイル、そして、Gaussian, GAMESS, MOPAC, VASP, CRYSTAL, CASTEP, QuantumEspresso, VMD, およびその他の量子化学計算プログラムからの出力など。 いくつかのデータベース（ RCSB, EDS, NCI, PubChem, MaterialsProject ）からは、直接ファイルを読み込むことができます。また、複数のファイルを読み込んで、同時に比較することができます。 豊富な記述言語とよく作りこまれた web API によって、ユーザのインターフェイスを簡単に最適化することができます。 インタラクティブなアニメーションと線形のモーフィングなどが可能です。Jmol のインターフェイスは、次のような目的に適しています。分光法における JSpecView、JSME における 2D → 3D 変換、POV-Ray の画像、そして CAD プログラムの 3D プリンティング (VRML export)。
